In Verbindung mit den Expansionsplänen in Richtung Tschechien legt Darwin Airline in Kooperation mit Czech Airlines zwei neue Destinationen auf: Zürich-Prag und Florenz-Prag. Seit dem ersten April fliegt Darwin jeweils am Montag, Mittwoch, Freitag und Samstag um 16.25 Uhr von Zürich nach Prag, mit Ankunft in Prag um 17.45 Uhr. Die Retourflüge finden an denselben Tagen um 14.20 Uhr ab Prag statt. Die Route wird mit Maschinen des Typs Saab 2000 von Darwin Airlines bedient.
Eine gleiche Zusammenarbeit der beiden Airlines gibt es bereits seit September 2012 auf der Strecke von Genf nach Prag.
