Skyguide erwirtschaftete im Jahr 2006 einen Umsatz von CHF 341,1 Mio. Dies ist trotz des Verkehrswachstums 3,6% weniger als 2005. Der Grund dafür sind die Tarifsenkungen, die 2006 in Kraft traten. Das Nettoergebnis betrug CHF 18,79 Mio.; die Betriebsrechnung weist jedoch mit CHF 0,3 Mio. ein negatives Resultat aus.
Der Wachstumstrend beim Flugverkehrsaufkommen setzte sich auch 2006 unvermindert fort. Insgesamt kontrollierte Skyguide letztes Jahr über 1,16 Mio. Flüge nach Instrumentenflugregeln (IFR), ein Plus von 2,6% gegenüber 2005 oder 3200 Flüge pro Tag.
