Edelweiss nähert sich operativ weiter an ihre Muttergesellschaft Swiss an. So ist ab dem 28. Oktober 2013 für Economy-Passagiere das Check-in nur noch an Check-in-Automaten (am Flughafen Zürich im Check-in 1 oder 3) möglich. Edelweiss empfiehlt allerdings, das Check-in möglichst schon online von zuhause aus zu erledigen, um allfällige Warteschlangen am Flughafen zu umgehen.
Business-Passagiere können weiterhin die Check-in-Schalter benutzen.