Im Jahr 2009 lag die Anzahl der von Skyguide kontrollierten Flüge bei 1,15 Mio., das sind insgesamt 7,2 Prozent weniger als im Vorjahr mit 1,24 Mio. Der Verkehrsrückgang sowie die von der Skyguide getroffenen Massnahmen zur Kapazitätserhöhung führten zu einer historisch einmalig hohen Pünktlichkeit: 2009 wurden 95 Prozent aller Flüge ohne Verspätung abgewickelt.
Mit durchschnittlich 3143 kontrollierten Flügen pro Tag und einem Tageshöchstwert von 3792 (am 10. Juli 2009) liegt das Verkehrsaufkommen 2009 deutlich unter dem Niveau des Vorjahres mit 3380 kontrollierten Flügen pro Tag und einem Höchstwert von 4153 Flügen (am 27. Juni 2008). Das Verkehrsvolumen liegt auch Ende 2009 unter den Werten des Vorjahres und lässt damit noch keine allgemeine Trendwende erkennen.
Insgesamt betrachtet war der Verkehrsrückgang sowohl in den Bezirksleitstellen Zürich und Genf (-7,9%), die den Verkehr innerhalb der Luftstrassen (En-Route) kontrollieren, als auch bei den An- und Abflugkontrollen (-6,1%), die die An- und Abflüge am Flughafen leiten, zu spüren. Der Transitverkehr, der die Mehrheit der Flugbewegungen in den Bezirksleitstellen ausmacht, hat etwas stärker unter der Krise gelitten als der nationale Flugverkehr. Die von der Skyguide kontrollierten Landesflughäfen verzeichneten beide einen Verkehrsrückgang, wobei Genf (175’863 Flugbewegungen, -8,2%) aufgrund des spürbaren Einbruchs bei der Business Aviation etwas stärker betroffen ist als Zürich (262’629 Flugbewegungen, -5,0%).
Im Dezember 2009 wurde der obere Luftraum über der Westschweiz neu organisiert, wodurch Skyguide laut eigenen Angaben rund 10 Prozent mehr Kapazität anbieten kann. Im Laufe des Jahres 2010 folgt die Neuaufteilung des oberen Luftraums über dem östlichen Teil der Schweiz, die ebenfalls zu einem spürbaren Kapazitätsgewinn führen soll.
